Aliya, Hukuk Fakültesi’nden mezun olduktan sonra değişik işlerde çalıştı. Karadağ’da büyük bir baraj inşaatında yöneticilik yaptı. 1953'ten 1960’a kadar Niskogradnja-Put şirketi için Karadağ’da, Perucica hidroelektrik fabrikasında şantiye şefliği yaptı. 1963'te avukatlık imtihanını verdikten sonra avukatlığa dönerek büyük firmalarda hukuk danışmanlığı görevlerinde bulundu. “Put” isimli bir inşaat firmasında çalıştı. Bu arada hukuk sınavlarına girerek mahkemedeki stajyerliğini tamamladı. 1981 yılında da iş hayatından emekli oldu.
Adeta kanı kaynayan, Müslüman Boşnaklar için büyük bir aşkla ve şevkle hizmet etmek isteyen Aliya, Hasan Biber aracılığıyla Genç Müslümanlar(Mladi Muslimani) Derneği’ne girmiş, Doğu Bosna'dan gelen mültecilere yardım eden bu derneğin çalışmalarında ve yönetiminde aktif rol oynamıştır. Hatta derneğin "Mücahit" adlı dergisinde yazılar da yazmıştır. Daha sonra gelişen şartlar nedeniyle, Saraybosnalı âlim ve vâiz Mehmed Hanciç’in başkanlığını yaptığı el-Hidâye Derneği’ne geçmek durumunda kalmıştır. Aliya, Hırvatlar tarafından askere alınmak istenince Saraybosna’dan kaçıp Gradacac’a gitmiştir.
Aliya İzzetbegoviç'in dava adamlığında, daha sonra müstakil bir kitap hâline getirilerek okuyucuya sunulan "İslâm Deklarasyonu" metni çok önemli bir yere ve öneme sahiptir. Aliya İzzetbegoviç "Hedefimiz; Müslümanların İslâmlaşması, sloganımız; İnanmak ve mücadele etmek" diyerek 'İslâm Deklarasyonu'nu ilân etmiştir. Bunu yaparken deklarasyonla ilgili olarak şu hatırlatmada bulunmuştur: "Bugün kamuoyuna sunduğumuz bildiri, yabancılara ve şüphe içinde olanlara, İslâm'ın şu veya bu sistemin, şu veya bu düşünce grubunun üzerindeki üstünlüğünü ispatlayacak bir metin değildir. Bildiri, hangi tarafta olduklarını apaçık bir biçimde kalplerinde hisseden ve nereye ait olduklarını bilen Müslümanlara yöneliktir. Bu gibi insanlar için bu bildiri, onların sevgisi ve aidiyetinin ne gibi görevler yüklediği hakkında gerekli sonuçların çıkarılması için bir çağrıdır."
Merhum Aliya İzzetbegoviç'in "İslâm Deklarasyonu" adlı mühim kitabı geniş kitlelerce büyük bir ilgi görerek olumlu ve olumsuz yankılar uyandırmıştır. İktidardakiler bu durumdan rahatsız olarak İzzetbegoviç'i Avrupa'nın ortasında İslâm Cumhuriyeti kurma teşebbüsüyle suçlamışlardır. Geleceğin Bilge Kral'ı olacak Aliya, sırf bu yüzden haksızca ve acımasızca 14 yıl hapis cezasına mahkum edilmiştir. Daha sonra söz konusu hapis cezası Yargıtay kararıyla 11 yıla indirilmiştir. 1988'de çıkarılan bir afla da serbest bırakılmıştır.
Zulme ve haksızlığa maruz bırakılan Bosnalıların umudu Aliya, 26 Mayıs 1990 tarihinde Demokratik Eylem Partisi(SDA)'ni kurmuş, parti 5 Aralık 1990'da Bosna'da gerçekleştirilen genel seçimleri kazanmış ve neticede ülkenin ilk cumhurbaşkanı olmuştur. Ancak Aliya 1996' da hastalığı sebebiyle görevini bırakmak mecburiyetinde kalmıştır.
1990'lı yıllarda Yugoslavya Sosyalist Federal Cumhuriyeti'nde bağımsızlık hareketleri baş gösterdi. Bu çerçevede Bosna-Hersek, 1 Mart 1992'de gerçekleştirdiği referandum neticesinde bağımsızlığını ilân etti. Ancak Sırplar bu durumu kabullenemedikleri için Bosna-Hersek yönetiminde söz sahibi olan Müslümanlara karşı savaş açarak katliama başladılar. Vahşet görüntüsünü andıran bu savaşlarda 250 bin insan hunharca öldürüldü. Bir milyonun üzerinde insan da mülteci konumuna düşürüldü. "İkinci Dünya Savaşı sonrası Avrupa'daki en büyük katliam" olarak nitelendirilen, birkaç gün içinde en az 8 bin 372 Boşnak'ın katledildiği Srebrenitsa Katliamı bu savaşın en çirkin tablosu olarak zihinlerimizdeki yerini hâlâ koruyor.
Bosna'daki katliamın ne zaman biteceği konuşulurken 14 Aralık 1995 tarihinde ABD'nin zorlamasıyla Dayton Antlaşması yapıldı. Bosna-Hersek adına Aliya İzetbegoviç'in, Yugoslavya Federal Cumhuriyeti adına Slobodan Milosevic'in, Hırvatistan adına Franjo Tudjman'ın imzaladığı bu antlaşma neticesinde bu çirkin savaş sona ermiş oldu.
Dayton Antlaşması'yla Bosna-Hersek topraklarının yüzde 51'i Müslümanlara ve Hristiyan Hırvatlara, yüzde 49'u da Sırplara verildi. Ülkenin yönetimi de bu üç halk arasında paylaştırıldı. Bunun yanında Amerika Birleşik Devletleri, Müslümanlara ellerindeki silahları imha etmelerini ve ABD patentli silahları, yedek parçasız bir şekilde satın almalarını şart koştu. Bosna-Hersek, Aliya sayesinde bu antlaşmadan en az zararla çıkan ülke olmayı başardı.
